МИКРОФЛОРА МОКРОТЫ И АУТОПСИЙНОГО МАТЕРИАЛА ПАЦИЕНТОВ С COVID-19

Стремительное распространение новой коронавирусной инфекции актуализирует потребность проведения бактериологических исследований клинического материала, полученного из респираторного тракта пациентов с COVID-19. Проанализировано 230 образцов мокроты и 260 образцов аутопсийного материала лёгких от пациентов с COVID-19. Выделено 946 штаммов микроорганизмов, видовая идентификация которых проводилась с помощью MALDI-ToF масс-спектрометрии на приборе Microflex LT (Bruker®). По результатам бактериологических посевов мокроты выявлено преобладание грамположительных микроорганизмов, составивших 50,5% (222 штамма) от общего числа выделенных патогенов. Доминирующими в данной группе оказались представители нормальной микрофлоры слизистых оболочек человека из родов Streptococcus, Rothia, Lactobacillus (всего 109 штаммов), что может являться следствием неправильного сбора мокроты, обусловленного загрязнением материала большим количеством слюны и носоглоточного отделяемого. «Классические» грамположительные возбудители пневмоний выявлялись значительно реже: S. aureus в 5 случаях, S. pneumoniae у 6 пациентов. Микроорганизмы из порядка Enterobacterales представлены 42 штаммами, среди которых лидировали K. pneumoniae (27 штаммов). В группе неферментирующих грамотрицательных бактерий преобладал A. baumanii (29 штаммов), в 2 случаях идентифицирована P. aeruginosa. По результатам микробиологического исследования аутопсийного материала (лёгкие) больных COVID-19 были выявлены значительные отличия видового и количественного состава микрофлоры, по сравнению с мокротой. В группе грамположительных бактерий идентифицировано 15 штаммов представителей нормальной микрофлоры слизистых оболочек, среди грамотрицательных бактерий доминировали клинически значимые виды: K. pneumoniae (102 штаммов), A. baumanii (75 штаммов), P. aeruginosa (11 штаммов). Микробиологический мониторинг необходим для коррекции антибактериальной терапии и предотвращения осложнений в виде развития вторичной бактериальной инфекции. В случае летального исхода результаты микробиологического анализа аутопсийного материала могут быть использованы в качестве дополнительного критерия для установления причины смерти пациента.

Lansbury L., Lim B., Baskaran V., Lim W.S. Co-infections in people with COVID-19: a systematic review and meta-analysis. The Journal of infection. 2020; 81(2): 266-75. https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.05.046

Wan S., Xiang Y., Fang W., Zheng Y., Li B., Hu Y. et al. Clinical features and treatment of COVID-19 patients in northeast Chongqing. Journal of medical virology. 2020; 92(7): 797-806. https://doi.org/10.1002/jmv.25783

Fattorini L., Creti R., Palma C., Pantosti A. Bacterial coinfections in COVID-19: an underestimated adversary. Ann. Ist Super Sanita. 2020; 56(3): 359-64. https://doi.org/10.4415/ANN_20_03_14

Sreenath K., Batra P., Vinayaraj E.V., Bhatia R., SaiKiran K., Singh V. et al. Coinfections with Other Respiratory Pathogens among Patients with COVID-19. Microbiology spectrum. 2021; 9(1): e0016321. https://doi.org/10.1128/Spectrum.00163-21

Медицинская микробиология, вирусология и иммунология: Учебник для студентов медицинских вузов. Воробьёв А.А., Быков А.С., Бойченко М.Н. и др. 3-е издание, исправленное. М.: Медицинское информационное агентство; 2022. ISBN 978-5-9986-0478-2.

Миронов А.Ю., Савицкая К.И., Воробьев А.А. Условно-патогенные микроорганизмы при заболеваниях дыхательных путей у больных региона Московской области. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2000; 1: 81-4.

Sharifipour E., Shams S., Esmkhani M., Khodadadi J., Fotouhi-Ardakani R., Koohpaei A. et al. Evaluation of bacterial co-infections of the respiratory tract in COVID-19 patients admitted to ICU. BMC Infectious Diseases. 2020; 20(1): 646. https://doi.org/10.1186/s12879-020-05374-z

Koehler P., Cornely O.A., Böttiger B.W., Dusse F., Eichenauer D.A., Fuchs F. et al. COVID-19 associated pulmonary aspergillosis. Mycoses. 2020; 63(6): 528-34. https://doi.org/10.1111/myc.13096

van Arkel A.L.E., Rijpstra T.A., Belderbos H.N.A., van Wijngaarden P., Verweij P.E., Bentvelsen R.G. COVID-19-associated Pulmonary Aspergillosis. American journal of respiratory and critical care medicine. 2020; 202(1): 132-5. https://doi.org/10.1164/rccm.202004-1038LE

Rawson T.M., Moore L., Zhu N., Ranganathan N., Skolimowska K., Gilchrist M. et al. Bacterial and fungal coinfection in individuals with coronavirus: A rapid review to support COVID-19 antimicrobial prescribing. Clinical infectious diseases: an official publication of the Infectious Diseases Society of America. 2020; 71(9): 2459-68. https://doi.org/10.1093/cid/ciaa530

Rosas-Salazar C., Kimura K.S., Shilts M.H., Strickland B.A., Freeman M.H., Wessinger B.C. et al. SARS-CoV-2 infection and viral load are associated with the upper respiratory tract microbiome. The Journal of allergy and clinical immunology. 2021; 147(4): 1226-33.e2. https://doi.org/10.1016/j.jaci.2021.02.001

Rahman S., Montero M., Rowe K., Kirton R., Kunik F. Jr. Epidemiology, pathogenesis, clinical presentations, diagnosis and treatment of COVID-19: a review of current evidence. Expert review of clinical pharmacology. 2021; 14(5): 601-21. https://doi.org/10.1080/17512433.2021.1902303

Кишкун А.А. Руководство по лабораторным методам диагностики. М.: ГЭОТАР-Медиа; 2014.

Лызикова Т.В., Нагла М.Ю., Макеев И.Г. Микробиологический мониторинг как основа эффективной антибактериальной терапии госпитальной пневмонии. Universum: медицина и фармакология. 2021; 12(83): 5-10.

Авдеева М.Г., Кулбужева М.И., Зотов С.В., Журавлева Е.В., Яцукова А.В. Микробный пейзаж у госпитальных больных с новой коронавирусной инфекцией COVID-19, сравнительная антибиотикорезистентность с «доковидным» периодом: проспективное исследование. Кубанский научный медицинский вестник. 2021; 28(5): 14-28.

Montrucchio G., Corcione S., Sales G., Curtoni A., De Rosa F.G., Brazzi L. Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae in ICU-admitted COVID-19 patients: Keep an eye on the ball. Journal of global antimicrobial resistance. 2020; 23: 398-400. https://doi.org/10.1016/j.jgar.2020.11.004

Lai C.C., Wang C.Y., Hsueh P.R. Co-infections among patients with COVID-19: The need for combination therapy with non-anti-SARS-CoV-2 agents? Journal of microbiology, immunology, and infection. 2020; 53(4): 505-12. https://doi.org/10.1016/j.jmii.2020.05.013

O’Toole R.F. The interface between COVID-19 and bacterial healthcare-associated infections. Clinical microbiology and infection: the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 2021; 27(12): 1772-6. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2021.06.001

Hughes S., Troise O., Donaldson H., Mughal N., Moore L. Bacterial and fungal coinfection among hospitalized patients with COVID-19: a retrospective cohort study in a UK secondary-care setting. Clinical microbiology and infection: the official publication of the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases. 2020; 26(10): 1395-9. https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.06.025

Chen X., Liao B., Cheng L., Peng X., Xu X., Li Y. et al. The microbial coinfection in COVID-19. Applied microbiology and biotechnology. 2020; 104(18): 7777-85. https://doi.org/10.1007/s00253-020-10814-6

Zhong H., Wang Y., Shi Z., Zhang L., Ren H., He W. et al. Characterization of respiratory microbial dysbiosis in hospitalized COVID-19 patients. Cell discovery. 2021; 7(1): 23. https://doi.org/10.1038/s41421-021-00257-2

Westblade L.F., Simon M.S., Satlin M.J. Bacterial Coinfections in Coronavirus Disease 2019. Trends in microbiology. 2021; 29(10): 930-41. https://doi.org/10.1016/j.tim.2021.03.018

Lewnard J.A., Bruxvoort K.J., Fischer H., Hong V.X., Grant L.R., Jódar L. et al. Prevention of COVID-19 among older adults receiving pneumococcal conjugate vaccine suggests interactions between Streptococcus pneumoniae and SARS-CoV-2 in the respiratory tract. The Journal of infectious diseases. 2021; jiab128. Advance online publication. https://doi.org/10.1093/infdis/jiab128

Anton-Vazquez V., Clivillé R. Streptococcus pneumoniae coinfection in hospitalised patients with COVID-19. European journal of clinical microbiology & infectious diseases: official publication of the European Society of Clinical Microbiology. 2021; 40(6): 1353-55. https://doi.org/10.1007/s10096-021-04166-w

Визель А.А., Абдулганиева Д.И., Федотов В.Д. Жестков А.В., Хамитов Р.Ф., Костина Н.Э. и др. Оценка прогностической значимости отдельных показателей у пациентов с COVID-19 на различных этапах наблюдения. Практическая пульмонология. 2021; 2: 29-40